flowchart LR qmd --> J([Jupyter]) qmd --> K([knitr]) J --> md K --> md md --> P([pandoc]) P --> pdf P --> html P --> docx
(Web del curso aquí)
20 de mayo de 2024
Veamos algunas de ellas
Hay muchos servicios de alojamiento, puedes ver algunos de ellos aquí.
Por ejemplo, aquí explican las ventajas y cómo subir una web a Netlify.
Tarea 6.1a: Subir nuestra web
Para subir nuestra web a nuestro espacio UV, solo tenemos que subir los ficheros de la carpeta docs o _site a la web de la UV
Pero antes, hay que tener activado vuestro espacio web en UV. Veamos cómo hacerlo con este post
Tarea 6.1b: Subir unas slides
Además,
no queremos tener que copiar a mano las referencias y
tampoco queremos tener que cambiar el formato 😱😱 de las referencias si es que decidimos cambiar de revista
./tareas/tarea_6.2_biblio.qmd que puedes encontrar en el “Qproj_01_eurovision” que puedes descargarte aquíTarea 6.2: Incorporar y gestionar referencias bibliográficas
Resulta que ya tenemos el documento .bib con la información de nuestras refrencias. Está en: ./assets/refrences.bib
Tenemos que referenciar el documento .bib en el yaml del .qmd. Algo como:
./assets/references.bibUna vez hecho, procesa el .qmd . ¿Qué ha pasado? ¿Se han incorporado las referencias?
No. ¿Por qué? 🤔
Por defecto solo se muestran las referencias que hemos utilizado en nuestro .qmd
Así que, vamos a incorporar en el texto de nuestro .qmd algunas alusiones a nuestras referencias.
Para ello vamos a utilizar el editor Visual de RStudio.
Ahora vamos a añadir una nueva referencia a nuestro fichero .bib. Por ejemplo esta
Para ello, también vamos a usar el editor Visual de RStudio
Insertemos una alusión a esta nueva referencia en el texto de nuestro .qmd; si no, no apareceré en el listado de referencias.
Por defecto Pandoc, y por ende Quarto, usa el “Chicago Manual of Style”, pero podemos cambiarlo.
Por ejemplo, vamos a cambiar el estilo de las referencias a “American Psychological Association”
Para ellos hay que obtener/usar un archivo CSL (Citation Style Language)
Puedes obtener ficheros .csl para multitud de formatos aquí. Solo tenemos que buscar el estilo que queremos y descargarlo.
Por ejemplo, nos descargamos el fichero para el formato APA 7th edition. Este es el enlace de descarga
Para usar el archivo .csl que acabamos de descargar hay que referenciarlo en el yaml, añadiendo algo como:
.qmd. ¿Qué ha pasado? ¿Se han cambiado las referencias?.qmd (o documento fuente) podemos generar documentos en múltiples formatos. Por ejemplo, .html, .docx, .pdf, .epub etc.Otra posibilidad
Los documentos .html que generemos, ya sean estos documentos individuales o dentro de una web, pueden incluir links al mismo documento en otros formatos. Documentación aquí.
El YAML del documento tendría que quedar algo como:
Tarea 6.3: Obtener varios formatos con el mismo .qmd
Procesa el documento: ./tareas/tarea_6.3_varios-formatos.qmd. Lo puedes encontrar en el “Qproj_01_eurovision” que puedes descargarte aquí
Fíjate que el yaml ya está preparado para generar 2 formatos: .html y .docx
Recuerda que hay que hacer el Render desde la Terminal 🤔
.html generados con Quarto, pero …El paquete webexercises soluciona ese problema ya que genera “standalone HTML files that require only a JavaScript-enabled browser”.
El objetivo de webexercises es:
To enable instructors to easily create interactive web pages that students can use in self-guided learning
Tarea 6.4: Jugar un poco con webexercises
Abre el documento: tareas/tarea_6.4_webexercises.qmd que puedes encontrar en el “Qproj_01_eurovision” que puedes descargarte aquí
Mira su contenido
Procesa el documento
Abre el documento html que se ha generado y … trata de resolver las preguntas
```{{r}}
#| results: asis
opts <- c(
"Quarto es cuatro en balinés",
answer = "Un sistema de publicación científico-técnica de acceso abierto que es lo más!!!",
"Quarto es una marca de muebles sueca"
)
cat("¿Qué es Quarto?", longmcq(opts))
```pak::pak("webexercises")Para procesar correctamente los ficheros “webexercises” hay que tener los .css y .js necesarios. Para ello:
.qmd, pero también en el fichero _quarto.yml (mejor quitarlos de _quarto.yml)Nosotros ya teníamos una plantilla “webexercises” en la carpeta ./tareas/tarea_6.4_webexercises.qmd. La creé con algo como:
datos/matriculados.xlsx solo habría que:¿Cómo hacer tablas más chulas?
Tablas estadísticas
A veces necesitamos generar informes con datos diferentes. Por ejemplo, un informe de ventas de diferentes productos, o un informe para cada municipio, o un informe para cada periodo
En este post del blog se explica cómo hacerlo.
Tarea 6.6: Aprender a hacer informes parametrizados
Tarea 6.7: Aprender a “reutilizar” materiales
Vamos a reutilizar el código de una de las 2 slides anteriores.
Sí, se aprende mucho viendo el código de otros
El curso se ha centrado en la realización de documentos .html pero desde Quarto se pueden generar documentos en múltiples formatos. Veamos algunos de ellos!!!
Extensión: más sobre publicación en Journals desde Quarto
La extensión de Quarto apaquarto provee una template para crear documentos APA Style 7th Ed en .docx, .html. y .pdf. La web del proyecto está aquí.
If you want to type in markdown to create a document in the “APA 6th Ed”, I suggest using papaja
Hay otra extensión: apaish que permite crear documentos pdf en el estilo de la APA 7th ed. via Typst. Tiene varios tipos: manuscript, document, and Journal (Similar to the APA7 LaTeX package, but Typst produces them much faster and easier)
En Rmarkdown tenemos el paquete rticles con plantillas para generar documentos de un conjunto amplio de Journals
Un hilo de Mastodon con las vicisitudes de M. Mahoney para publicar en Elsevier desde Quarto:
Journals para publicar código.
Esta charla de Mine Çetinkaya-Rundel habla de este tema en el minuto 14 aprox.
Cómo crear una Quarto Journal Article Templates
Tarea: Practicando con Journal articles
El repo para la plantilla/extensión está aquí
Instalar la extensión: hay que ejecutar en la Terminal:
Ver qué se ha creado en el Qproject
Procesar el archivo templates.qmd que se ha creado
Instalar la extensión: hay que ejecutar en la Terminal:
Ver qué se ha creado en el Qproject
Procesar el archivo elsevier.qmd que se ha creado
Hay muchas más opciones
Desde Quarto se pueden hacer curriculums. Por ejemplo:
CV’s con Quarto
Plantilla para crear CV con Quarto: quarto-cv
Otra plantilla para hacer CV’s, de @BeaMilz: el código y el resultado
Super-post para hacer CV’s con Quarto. Entre otras, cita las plantillas para CV de D. Schochs. Aquí otra plantilla que creo que no está en el post
Más plantillas para CV aquí
Convertir CV’s a Quarto
Tengo el CV en un .docx ¿puedo pasarlo a Quarto? Sí, aquí la explicación. Aconsejan pasarlo primero a Google doc’s
Para convertir un Google Doc en un Quarto book puedes usar el pkg quartificate
Extensión: CV’s con .Rmd
Un currículum con pagedown::html_resume.
Currículum con datadrivencv package
Ahora ya es posible hacer posters con Quarto, pero la gente estaba esperando hace tiempo. Por ejemplo:
Póster de Lorena Abad aquí
Typst-poster. Lo vi en este video, concretamente en el minuto 7:30
Una plantilla para crear un typst poster de David Schoch aquí. El toot.
Extensión: Posters con Rmarkdown
.Rmd habían varios paquetes para hacer posters, por ejemplo con posterdown o con pagedown::poster_relaxed.Un video de C. Scheidiger en posit::conf(2023). Cuenta los pb’s de Latex y espera que Typst lo reemplace. Ventajas en el minuto 4:40. Sólo hay que cambiar a format: typst
Rennie tyspt o latex: el toot, sus charlas. No funcionan, pero esta sí, esta tb
Plantillas tyspt de Weis aquí. Hay muchas templates de tysp
.RmdPlantilla para compact pdf
Nicola Rennie te dice cómo hacer pdfs parámetrizados: aquí
Quarto YouTube Playlist
Title Pages templates for adding a cover page to your Quarto pdf books. Un ejemplo
Great looking pdf with pagedown: vídeo aquí
Un instituto de física: https://github.com/sebdunnett/quarto-iop
Veamos algunas de ellas
```{mermaid}
gantt
dateFormat YYYY-MM-DD
title Adding GANTT diagram to mermaid
excludes weekdays 2014-01-10
section A section
Completed task :done, des1, 2014-01-06,2014-01-08
Active task :active, des2, 2014-01-09, 3d
Future task : des3, after des2, 5d
Future task2 : des4, after des3, 5d
```gantt dateFormat YYYY-MM-DD title Adding GANTT diagram to mermaid excludes weekdays 2014-01-10 section A section Completed task :done, des1, 2014-01-06,2014-01-08 Active task :active, des2, 2014-01-09, 3d Future task : des3, after des2, 5d Future task2 : des4, after des3, 5d
.html y referenciar términos del glosario en el texto..yml,glossary_path()Se considera a
glossary::glossary("Ishi")el último nativo de la California septentrional que vivió fuera de la influencia de la cultura occidental. Su historia se popularizó a raíz de un libro de Theodora Kroeber, madre de Ursula K. Le Guin.
Vamos a probar a hacer estos botones con la extensión downloadthis.
Para ello vamos a usar la documentación de la extensión y este post del blog del curso.
En el curso se habla de las extensiones. En las slides nº 5, concretamente aquí y en este post y en este otro
Aquí un post que cuenta como hacer extensiones
code-fullscreen: permite que al pinchar en un bloque de código, este pase a estar a pantalla completa
nustshell: permite crear “expandable explanations”. Lo mejor es pinchar y ver los ejemplos
collapse-social-embeds: permite crear 6 tipos de nuevos callouts para social contents (Github gist, Twitter tweets, Mastodon toots, y vídeos de Loom, Vimeo y Youtube). Puedes ver un ejemplo aquí. Seguramente acabaré usándolo en el curso!!
downloadthis: permite crear botones de descargar muy chulos. Ya la hemos usado
pointer y quarto-spotlight: 2 extensiones para iluminar/agrandar el puntero del ratón en revealjs slides
line-highlight: similar a code-line-numbers pero ahora es para documentos html, no para RevealJs slides
webR: permite to run R code in the browser without the need for an R server to execute the code!!
Sverto: permite incorporar Svelte components that can seamlessly react to your ObservableJS code!!!
quarto-animate: permite crear unas animaciones muy “aparatosas”. Puedes ver un ejemplo aquí
Ejemplos que se me han quedado en el tintero (quizás para otra edición)
Tampoco lo he probado, entre otras cosas porque no tengo Stata instalado, pero :
pystata.No he visto que sea posible correr SPSS code dentro de R, pero para que tenemos R GUI’s. Otra comparación de GUI’s. Un post sobre Jamovi
openalexR: “helps you interface with the OpenAlex API to retrieve bibliographic infomation about publications, authors, venues, institutions and concepts”
rscielo: “offers functions to easily scrape bibliometric information from scientific journals and articles hosted on the Scileo Platform
JCRImpactFactor: “JCRImpactFactor: Journal Citation Reports (‘JCR’) Impact Factor by Clarivate Analytics”
Bibliometrix: “bibliometrix package provides a set of tools for quantitative research in bibliometrics and scientometrics”
RISmed: A set of tools to extract bibliographic content from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) databases, including PubMed.
Slides chulas pero sencillas de Mine. El repo aquí
Un ejemplo de slides chulas: Intro to Quarto, el repo aquí.
Un póster con posterdown o con pagedown::poster_relaxed.
Business cards con pagedown::business_card
“Cuadros de mando” con flexdashboard: tienes algunos ejemplos aquí. Permite distintos layouts, incluidos los storyboards, por ejemplo este
Formatos posibles gracias al paquete rmdformats